「労使協定に基づく賃金支払時の控除」の欄には、健康保険料や所得税も記載するべきですか。

法定控除分(法律で給与から控除することが定められている所得税、住民税、健康保険や介護保険、厚生年金保険・雇用保険などの社会保険料)については記載する必要はありません。
詳しくは「入力マニュアル」をご参照ください。